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        1. 首頁 / NGS測序 / 產(chǎn)品應(yīng)用詳情

          DNA建庫解決方案:機(jī)械法文庫制備VS酶切法文庫制備

          隨著國家發(fā)改委《“十四五”生物經(jīng)濟(jì)發(fā)展規(guī)劃》的發(fā)布,讓生物技術(shù)賽道更加的火熱。高通量測序技術(shù)作為生物技術(shù)中的高精尖技術(shù),在生殖遺傳、產(chǎn)前篩查、腫瘤伴隨診斷、腫瘤早篩、心血管疾病用藥與篩查、病原微生物檢測應(yīng)用越來越廣泛。

          而文庫構(gòu)建環(huán)節(jié)作為高通量測序整個環(huán)節(jié)中的重要一環(huán),對測序結(jié)果的質(zhì)量起到?jīng)Q定性的作用,片段化酶酶切的效果、片段加A的能力、接頭連接的效率、文庫擴(kuò)增的保真性,最終都決定了測序下機(jī)數(shù)據(jù)質(zhì)量,影響了報(bào)告結(jié)果的準(zhǔn)確性。正是因?yàn)槟[瘤用藥等應(yīng)用在終端客戶使用的普遍性,使得對產(chǎn)品的價格、報(bào)告周期、質(zhì)量的要求越來越高。

          翌圣可根據(jù)客戶不同的應(yīng)用場景,不同的技術(shù)平臺,不同的樣本類型,精準(zhǔn)為客戶提供建庫方案。對于腫瘤伴隨診斷服務(wù)提供商,翌圣可為所有illumina平臺和MGI平臺提供相應(yīng)的建庫產(chǎn)品。腫瘤伴隨診斷實(shí)驗(yàn)所用到的樣本類型種類繁多:新鮮的手術(shù)組織、穿刺活檢組織,石蠟包埋固定的手術(shù)組織、穿刺活檢組織,血液gDNA,血液游離DNA,胸腹水沉渣DNA,胸腹水游離DNA等樣本類型。根據(jù)不同的樣本類型,選擇不同的建庫方式。

          一、 機(jī)械法文庫制備方案

          機(jī)械法建庫試劑盒可針對經(jīng)過超聲波片段化的DNA,或者是血液游離DNA或者降解度較高的FFPE樣本DNA來建庫。翌圣Ultima Pro類全能型建庫試劑盒(CAT#12197)可滿足以上樣本類型的建庫需求,本產(chǎn)品采用高質(zhì)量的酶學(xué)組成,在前一代建庫試劑盒的基礎(chǔ)上,改進(jìn)了DNA片段末端修復(fù)和加A效率,同時改善了接頭連接效率。本試劑盒采用新型的高保真酶,顯著提高擴(kuò)增均一性和保真性。本試劑盒模板投入量可兼容100 pg-1000 ng所有DNA樣本。

          較高的文庫產(chǎn)出:

          以2種不同的cfDNA樣本為模板,投入量為5ng,擴(kuò)增循環(huán)數(shù)12,比較文庫產(chǎn)出以及測序數(shù)據(jù)基礎(chǔ)質(zhì)量。

          21.png

          1652685091378297.png

          1652685100987557.png

          與競品試劑盒相比,12197測序數(shù)據(jù)表現(xiàn)均一,Duplicate較低、mapping rate較高,結(jié)構(gòu)變異更少,Mismatch更少。

          二、 酶切法文庫制備方案

          翌圣OnePot系列酶切建庫試劑盒是新一代建庫試劑盒(CAT#12205),與傳統(tǒng)的機(jī)械建庫法比較,酶切法建庫擺脫了繁瑣的超聲過程,同時簡化了操作流程。本品采用高質(zhì)量的片段化酶,將片段化模塊與末端修復(fù)模塊合二為一,極大的降低了建庫的時間和成本。本試劑盒具有優(yōu)秀的文庫轉(zhuǎn)化率,可應(yīng)用于腫瘤伴隨診斷的FFPE樣本、gDNA樣本等各種樣本類型500pg-1ug起始模板投入量的酶切建庫。同時,翌圣可為客戶專業(yè)定制匹配自動化建庫流程的建庫試劑,提供全套解決方案,讓高通量測序技術(shù)在基因檢測上不再難!

          產(chǎn)品優(yōu)勢:

          24.png


          試劑盒性能展示:

          1. 高效穩(wěn)定的片段化效果

          ●以Human Blood gDNA為模板,以不同的投入量(20ng~1μg)使用12205酶切12min,酶切產(chǎn)物純化,進(jìn)行2100質(zhì)控。結(jié)果如下圖所示:

          1652685140144369.png

           

          ● 用人gDNA NA12878樣本,Input DNA: 200 ng,酶切時間:8/10/12/14/16 min,用Agilent 2100質(zhì)檢

          結(jié)果如下圖所示:

          1652685172445265.png

           

          綜上結(jié)果:片段化酶的酶切效果不會受模板投入量的影響,只與酶切時間相關(guān)。

          2. 酶切偏好性更低

          27.png

          從上圖中可以看出,與競品相比,翌圣片段化酶的片段偏好性與競品一致。

          3. 超高的文庫擴(kuò)增保真性

          從Lambda DNA全基因組建庫測序分析,結(jié)果顯示:Canace Pro保真性顯著優(yōu)于競品的結(jié)果

          Sample

          Mismatch(N/10000)

          Insertion (N/1000000)

          Deletion (N/1000000)

          Canace pro

          0.7807

          0.6210

          4.1144

          K*

          1.6132

          1.3446

          9.3257

          V*

          2.6568

          1.9719

          11.3092


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          產(chǎn)品規(guī)格

          機(jī)械法建庫試劑盒

          Hieff NGS? Ultima Pro DNA Library Prep Kit for Illumina? V2

          12197ES08/24/96

          8/24/96T

          Hieff NGS? Ultima DNA Library Prep Kit for Illumina?

          12199ES08/24/96

          8/24/96T

          Hieff NGS? Ultima DNA Library Prep Kit for MGI?

          13310ES08/16/96/98

          8/16/96/192T

          Hieff NGS? Ultima DNA Library Prep Kit for MGI?

          13311ES16/96

          16/96T

          酶切法建庫試劑盒

          Hieff NGS? OnePot II DNA Library Prep Kit for Illumina?

          12204ES08/24/96

          8/24/96T

          Hieff NGS? OnePot Pro DNA Library Prep Kit for Illumina?

          12205ES08/24/96

          8/24/96T

          Hieff NGS? OnePot II DNA Library Prep Kit for MGI?

          13321ES08/16/96

          8/16/96T

          Hieff NGS? OnePot TM Pro DNA Library Prep Kit for MGI?

          13322ES16/96

          16/96T

          末修加A模塊

          Hieff NGS? Ultima Endprep Mix

          12605ES24/96/98

          24/96/1000T

          Hieff NGS? Fast-Pace End Repair/dA-Tailing Module

          12608ES24/96

          24/96T

          片段化/末修/加A模塊

          Hieff NGS? Fast-Pace DNA Fragmentation Reagent

          12609ES24/96/98

          24/96/1000T

          Hieff NGS? OnePot Pro Fragmentation Reagent

          12619ES24/96

          24/96T

          連接模塊

          Hieff NGS? Ultima DNA Ligation Module for kit

          12804ES24/96

          24/96T

          Hieff NGS? Novel DNA Ligation Module for kit

          12805ES24/96/98

          24/96/1000T

          擴(kuò)增模塊

          2×Super Canace? II Uracil High-Fidelity Mix for Library Amplification

          12620ES24/96/97

          24/96/400T

          Hieff Canace? Pro Amplification Mix for NGS

          12624ES24/96

          24/96T

          片段化酶

          Hieff? Smearase

          12907ES08/24/96

          8/24/96T

          末修單酶

          T4 DNA Polymerase

          12901ES60/76/90

          100/500/2000U

          T4 Polynucleotide Kinase

          12902ES76/86/92

          500/2500/10000U

          A尾添加

          Hieff NGS? S-Taq DNA Polymerase for dA-Tailing

          13486ES24/96/98

          24/96/1000T

           

          400-6111-883