翌圣瓊脂糖——直擊電泳痛點(diǎn)，跑出一手好膠
直擊電泳痛點(diǎn)，跑出一手好膠
瓊脂糖（Agarose）是純化的線性半乳聚糖親水膠體，提取自瓊脂或者含瓊脂的海藻，結(jié)構(gòu)上是一種線性聚合物，由β-D-吡喃半乳糖（1-4）連接3,6-脫水α-L-吡喃半乳糖基構(gòu)成。作為一種凝膠試劑，常用于通過凝膠電泳或者印跡法（如Northern或Southern）來進(jìn)行日常核酸分析，也適用于蛋白應(yīng)用，如輻射狀免疫擴(kuò)散（RID）實(shí)驗(yàn)。
瓊脂糖凝膠電泳是用瓊脂糖作支持介質(zhì)的一種電泳方法，包括制膠、點(diǎn)樣、電泳，分析原理與其他支持物電泳最主要區(qū)別是它兼有“分子篩”和“電泳”的雙重作用。將凝膠置于電場中，帶電荷的核酸通過凝膠網(wǎng)孔向正極遷移。在不同條件下電泳適當(dāng)時間后，大小、構(gòu)象不同的核酸片段將處在凝膠不同位置上，從而達(dá)到分離的目的。
圖1.核酸電泳實(shí)驗(yàn)操作步驟
圖2.電泳遷移方向圖
如何選購合適的瓊脂糖？
1、根據(jù)瓊脂糖的基本參數(shù)進(jìn)行判斷
1）硫酸鹽含量（sulfate content）——純度指標(biāo)；
2）凝膠強(qiáng)度（gel strength）——施加于凝膠使之?dāng)嗔训耐饬Γ?br />
3）膠凝點(diǎn)（Gel point）——水溶性瓊脂糖溶液冷卻后形成凝膠時的溫度；
4）電內(nèi)滲（EEO）——液體穿透凝膠的一種電動運(yùn)動。瓊脂糖凝膠內(nèi)的陰離子基團(tuán)吸附在基質(zhì)上不會發(fā)生遷移，但是解離的陽離子就會朝負(fù)極遷移，從而產(chǎn)生電滲。由于樣本的電泳遷移通常是朝正極移動，因此EEO產(chǎn)生的內(nèi)部對流會干擾分離效率。
根據(jù)瓊脂糖的基本參數(shù)，優(yōu)質(zhì)的瓊脂糖凝膠應(yīng)該膠孔清晰、膠體不易斷，具備純度高（硫酸鹽含量低）、凝膠強(qiáng)度大、膠凝點(diǎn)相對高（常溫條件下凝固快）、電內(nèi)滲低等特點(diǎn)。
2、根據(jù)瓊脂糖的分離范圍進(jìn)行判斷
瓊脂糖凝膠的分離范圍較廣，常用于DNA切膠回收、DNA分離和用于佐證DNA是否重組、質(zhì)粒等是否切開。不同大小的目的片段也對應(yīng)著不同大小的瓊脂糖濃度，根據(jù)高濃度適合分離小片段原則，可參考下表找到合適自己的最佳膠濃度。
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瓊脂糖濃度 % |
≥3 |
2-3 |
1-2 |
0.7-1 |
≤0.7 |
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分子大小 bp |
≤200 |
200-700 |
700-1500 |
1500-5000 |
≥5000 |
翌圣高質(zhì)量瓊脂糖
覆蓋多種應(yīng)用場景，滿足您的需求
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產(chǎn)品名稱 |
產(chǎn)品貨號 |
產(chǎn)品規(guī)格 |
應(yīng)用場景 |
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Agarose瓊脂糖 |
100 g/500 g |
常規(guī)核酸電泳 |
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Low Melting Point Agarose 低熔點(diǎn)瓊脂糖 |
25 g/100 g |
適用于大于1 kb核酸分離、細(xì)胞培養(yǎng)和病毒空斑實(shí)驗(yàn)等 |
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3:1 Agarose 3:1瓊脂糖 |
25 g/100 g |
小片段DNA（1 kb以下）具有很高的分辨率，可配高達(dá)5%的凝膠 |
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High Sieving Agarose 高分辨率瓊脂糖(PCR級) |
5 g/25 g |
適宜分離20 bp-800 bp的DNA片段，效果與聚丙烯酰胺相當(dāng) |
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Agarose Tablets 瓊脂糖(片劑,0.5 g/片) |
1盒（200片） |
應(yīng)用常規(guī)瓊脂糖，無需稱量更方便 |
產(chǎn)品優(yōu)勢
電滲值低（EEO≤0.13)，條帶分離效果好，分得開；跑得快
圖2.不同濃度凝膠電泳圖
注：0.75%瓊脂糖凝膠上樣：1kb ladder，1%瓊脂糖凝膠上樣：100 bp ladder、1kb ladder、2000 DNA Marker、5000 DNA Marker，2%瓊脂糖凝膠上樣：100 bp ladder、2000 DNA Marker、5000 DNA Marker；上樣量：Marker 原液 2 μl 稀釋 5 倍后上樣 10 μl；0.75%、1%、2％瓊脂糖凝膠電泳程序分別為： 115V，45min； 130V，40 min； 130V，50 min。
膠孔清晰直挺，凝膠強(qiáng)度大，不易斷裂
注.圖示為翌圣瓊脂糖10208ES60產(chǎn)品展示圖。
高質(zhì)量瓊脂糖使用方法
瓊脂糖凝膠濃度通常在0.7%至2%之間選擇。濃度越高，凝膠的分子孔徑越小，DNA遷移速率越慢，分辨率越高。反之，濃度越低，DNA遷移速率越快，分辨率較低。針對實(shí)驗(yàn)?zāi)康牟煌?，選擇合適的凝膠濃度與適配的電泳緩沖液。
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瓊脂糖濃度 |
有效分離范圍（bp） |
推薦緩沖液 |
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0.5% |
2,000-50,000 |
1×TAE |
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0.8% |
800-10,000 |
1×TAE |
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1.0% |
400-8,000 |
1×TAE |
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1.2% |
300-7,000 |
1×TAE |
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1.5% |
200-3,000 |
1×TAE/0.5×TBE |
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2.0% |
100-2,000 |
1×TAE/0.5×TBE |
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3.0% |
25-1,000 |
0.5×TBE |
TAE緩沖液：TAE緩沖液含有乙酸（Acetic acid）、EDTA和Tris，適合用于快速電泳和大片段DNA的分離。乙酸的存在降低了凝膠的pH值，有助于提高電泳速度。
TBE緩沖液：TBE緩沖液含有硼酸（Boric acid）、EDTA和Tris，其離子強(qiáng)度較高，適合用于小片段DNA的高分辨率分離。硼酸根離子的存在增強(qiáng)了凝膠的穩(wěn)定性，有助于提高分離效率。因此凝膠濃度大時，需采用TEB緩沖液，便于分離條帶。
瓊脂糖片劑（10226ES）使用方法
按0.5g/片劑將適量瓊脂糖片劑（10226ES）在緩沖液中浸泡2-3 min使之完全崩解，之后按照常規(guī)瓊脂糖配制方法操作即可。請參考下表：
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凝膠濃度% |
1片（0.5g/片劑） |
2片（0.5g/片劑） |
3片（0.5g/片劑） |
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1% |
50 mL |
100 mL |
150 mL |
|
2% |
25 mL |
50 mL |
75 mL |
已發(fā)表文獻(xiàn)（部分）
[1]Li Z, Wang M, Fang H, et al. Solid-liquid interface adsorption of antibiotic resistance plasmids induced by nanoplastics aggravates gene pollution in aquatic ecosystems. Environ Pollut. 2023. doi:10.1016/j.envpol.2022.120456. IF=10.366(10208ES)
[2]Wang M, Zhang S, Zheng G, et al. Gain-of-Function Mutation of Card14 Leads to Spontaneous Psoriasis-like Skin Inflammation through Enhanced Keratinocyte Response to IL-17A. Immunity. 2018;49(1):66-79.e5. doi:10.1016/j.immuni.2018.05.012. IF=19.734
[3]Zhang Y, Ding H, Wang X, et al. MK2 promotes Tfcp2l1 degradation via β-TrCP ubiquitin ligase to regulate mouse embryonic stem cell self-renewal. Cell Rep. 2021;37(5):109949. doi:10.1016/j.celrep.2021.109949. IF=9.423
[4]Zhu Z, Zhang L, Sheng R, Chen J. Microfluidic-Based Cationic Cholesterol Lipid siRNA Delivery Nanosystem: Highly Efficient In Vitro Gene Silencing and the Intracellular Behavior. Int J Mol Sci. 2022;23(7):3999. Published 2022 Apr 3. doi:10.3390/ijms23073999. IF=5.924
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相關(guān)產(chǎn)品選擇指南
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產(chǎn)品定位 |
產(chǎn)品名稱 |
產(chǎn)品貨號 |
產(chǎn)品規(guī)格 |
應(yīng)用場景 |
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核酸染料 |
Goldview Nucleic Acid Gel Stain (10,000×) |
1 mL |
特別適合大于1kb的片段檢測 |
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YeaRed Nucleic Acid Gel Stain (10,000× in Water) |
500 μL |
水溶，與EB具有相同的光譜特性，300 nm處紫外光激發(fā)檢測 |
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|
YeaRed Nucleic Acid Gel Stain(10,000× in DMSO) |
500 μL |
DMSO溶液，300 nm處紫外光激發(fā)檢測 |
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YeaGreen Nucleic Acid Gel Stain (10,000×in Water) |
500 μL |
適用于使用471 nm激發(fā)的紫外凝膠成像透射儀或可見光凝膠透射儀 |
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瓊脂糖電泳 DNA Marker |
GoldBand DL2000 DNA Marker |
100 T/10×100 T |
100-2000 bp |
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GoldBand DL600 DNA Marker |
100 T/10×100 T |
100-600 bp |
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|
GoldBand DL5000 DNA Marker |
100 T/10×100 T |
100-5000 bp |
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GoldBand DL10,000 DNA Marker |
100 T/10×100 T |
100-10,000 bp |
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|
GoldBand 100bp DNA Ladder |
100 T/10×100 T |
100-1,500 bp |
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|
GoldBand 1 kb DNA Ladder |
100 T/10×100 T |
250-12,000 bp |
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|
GoldBand Full-Scale DNA Ladder |
1 mL |
100-12,000 bp |
||
|
GoldBand DL15000 DNA Marker |
100 T/10×100 T |
250-15,000 bp |
||
|
GoldBand 50 bp DNA Ladder |
100 T/10×100 T |
50-1000 bp |
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|
GoldBand 100 bp plus DNA Ladder |
100 T/10×100 T |
100-3000 bp |
||
|
GoldBand 200 bp DNA Ladder |
100 T/10×100 T |
200-5000 bp |
||
|
GoldBand 500 bp DNA Ladder |
100 T/10×100 T |
500-5000 bp |
