初識DNA甲基化
表觀遺傳學(xué)是指在基因組的核苷酸序列不發(fā)生改變的情況下，生物個體表型卻發(fā)生了可遺傳性變化的現(xiàn)象。DNA甲基化是目前研究最深入的表觀遺傳修飾，是指在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶的催化下，以S-腺苷甲硫氨酸為甲基供體，將活性甲基轉(zhuǎn)移至DNA鏈中特定堿基的化學(xué)修飾過程。
圖1.胞嘧啶甲基化的過程
DNA甲基化可以發(fā)生在胞嘧啶的C-5位、腺嘌呤的N-6位、鳥嘌呤的N-7位等，它們分別由不同的DNA甲基化酶催化，生成5-甲基胞嘧啶（5-mC）、N6-甲基腺嘌呤（N6-mA）及7-甲基鳥嘌呤（7-mG）。在哺乳動物中，主要生成為5-甲基胞嘧啶（5-mC）。
限制性內(nèi)切酶的甲基化敏感性
對于甲基化敏感的內(nèi)切酶而言，當甲基化位點與限制性內(nèi)切酶識別序列發(fā)生重疊，酶切會受到阻斷或影響，可分為兩種情況：
- 酶切位點被甲基化后，無法切割的甲基化敏感的限制性內(nèi)切酶；
- 酶切位點被甲基化后才能切割的甲基化敏感的限制性內(nèi)切酶，如DpnI；
一般是下列3個甲基化最為常見：
- Dam甲基化：在GATC序列中腺嘌呤N6位發(fā)生甲基化。
- Dcm甲基化：在CCAGG和CCTGG序列中第2個胞嘧啶C5位發(fā)生甲基化。
- CpG甲基化：CpG甲基轉(zhuǎn)移酶將甲基轉(zhuǎn)移到C殘基的C5位置。（真核生物DNA的CpG甲基化是分布最為廣泛的一類甲基化修飾模式）。
圖2 .Dam、Dcm、CpG甲基化示意圖
甲基化敏感的限制性內(nèi)切酶清單
--了解更多甲基化敏感的內(nèi)切酶應(yīng)用
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貨號 |
名稱 |
識別位點 |
無法切斷的序列 |
CpG |
dam |
dcm |
無法切斷的序列 |
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FuniCut® ClaI |
5'-AT↓CGAT-3' |
AT5mCGAT |
□ |
○ |
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(G)6mATCGAT |
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FuniCut® EagI |
5'-C↓GGCCG-3' |
5mCGGC5mCG |
□ |
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FuniCut® MluI |
5'-A↓CGCGT-3' |
A5mCG5mCGT |
□ |
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FuniCut® NheI |
5'-G↓CTAGC-3' |
GCTAG5mC(G) |
□ |
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FuniCut® NotI |
5'-GC↓GGCCGC-3' |
G5mCGGC5mCGC |
□ |
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FuniCut® SalI |
5'-G↓TCGAC-3' |
GT5mCGAC |
□ |
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FuniCut® SmaI |
5'-CCC↓GGG-3' |
CC5mCGGG |
□ |
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FuniCut® ApaLI |
5'-G↓TGCAC-3' |
GTGCA5mC(G) |
□ |
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FuniCut® NruI |
5'-TCG↓CGA-3' |
T5mCG5mCGA |
□ |
○ |
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TCGCG6mA(TC) |
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FuniCut® SacII |
5'-CCGC↓GG-3' |
C5mCG5mCGG |
□ |
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FuniCut® BstBI |
5'-TT↓CGAA-3' |
TT5mCGAA |
□ |
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FuniCut® HpaII |
5'-C↓CGG-3' |
C5mCGG |
□ |
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FuniCut® AccI |
5'-GT↓MKAC-3' |
GT5mCGAC |
□ |
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FuniCut® PvuI |
5'-CG AT↓CG-3' |
5mCGAT5mCG |
□ |
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FuniCut® HhaI |
5'-GCG↓C-3' |
G5mCGC |
□ |
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FuniCut® HinP1I |
5'-G↓CGC-3' |
G5mCGC |
□ |
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FuniCut® SnaBI |
5'-TAC↓GTA-3' |
TA5mCGTA |
□ |
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注： |
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