產(chǎn)品簡(jiǎn)介

Hieff NGS® ATAC-Seq Library Prep Kit for Illumina®是針對(duì)Illumina®高通量測(cè)序平臺(tái)研發(fā)的用于ATAC-Seq實(shí)驗(yàn)的文庫(kù)構(gòu)建試劑盒，適用于100-100,000個(gè)細(xì)胞起始量的樣本建庫(kù)。ATAC-Seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)技術(shù)能夠利用Tn5 轉(zhuǎn)座酶識(shí)別染色質(zhì)開(kāi)放區(qū)域，快速有效的反映表觀遺傳狀態(tài)。經(jīng)過(guò)細(xì)胞收集及裂解、轉(zhuǎn)座酶片段化、磁珠回收片段化DNA、文庫(kù)擴(kuò)增和磁珠分選等步驟，DNA片段最終轉(zhuǎn)化為適用于Illumina®平臺(tái)測(cè)序的文庫(kù)。

本試劑盒包含兩個(gè)獨(dú)立模塊：BOX-I和BOX-II。BOX-I為提取DNA的DNA Extract Beads和回收文庫(kù)的DNA Clean Beads，BOX-II包含細(xì)胞裂解、片段化以及后續(xù)文庫(kù)擴(kuò)增所需的所有試劑。此外，本試劑盒已在不同種類樣本(如K562、MCF-7細(xì)胞，小鼠肝臟等)中進(jìn)行了驗(yàn)證，均具有良好的建庫(kù)效率和建庫(kù)產(chǎn)量。本試劑盒提供的所有試劑都經(jīng)過(guò)嚴(yán)格的質(zhì)量控制和功能驗(yàn)證，最大程度上保證了文庫(kù)的穩(wěn)定性和重復(fù)性。

產(chǎn)品信息

貨號(hào)	12208ES04 / 12208ES12 / 12208ES48
規(guī)格	4 T / 12 T / 48 T

組分信息

組分編號(hào)			組分名稱	12208ES04	12208ES12	12208ES48
BOX I	12208-A		Wash Buffer	266 μL	798 μL	3192 μL
	12208-B		Terminate Solution	20 μL	60 μL	240 μL
	12208-C		DNA Extract Beads	520 μL	1560 μL	6.24 mL
	12208-D		DNA Clean Beads	310 μL	930 μL	3.72 mL
BOX II	12208-E		Suspension Buffer	194 μL	582 μL	2.328 mL
	12208-F		1 % Digitonin	4 μL	12 μL	48 μL
	12208-G		10% Tween-20	4 μL	12 μL	48 μL
	12208-H		10% NP40	2 μL	6 μL	24 μL
	12208-I		Reaction Buffer	100 μL	300 μL	1.2 mL
	12208-J		Transposome Mix	8 μL	24 μL	96 μL
	12208-K		Canace® Pro Amplification Mix	100 μL	300 μL	1.2 mL
	12208-L		N5 (N501)*	4 μL	-	-
	12208-M		N7 (N701)*	4 μL	-	-

注意：*測(cè)序時(shí)Index序列N501-ATAGAGAG，N701-TAAGGCGA。
 

儲(chǔ)存條件

BOX-I：2~8℃保存，BOX-II：-25~-15℃保存，切不可弄錯(cuò)！有效期1年。

使用說(shuō)明

一、細(xì)胞準(zhǔn)備

1. 在室溫條件下收集細(xì)胞并計(jì)數(shù)，死亡的細(xì)胞染色質(zhì)松散，暴露出大量的裸DNA，這些DNA更容易被轉(zhuǎn)座酶復(fù)合物識(shí)別轉(zhuǎn)座，隨機(jī)切割會(huì)造成比較強(qiáng)的噪音信號(hào)，建議樣本細(xì)胞活性不低于90% (細(xì)胞活性可以用臺(tái)盼藍(lán)染色來(lái)鑒定)。

2. 貼壁較緊的細(xì)胞如Hela細(xì)胞等可用Accutase或者Trypsin部分消化獲得。

3. 植物或真菌細(xì)胞可通過(guò)特殊處理獲得原生質(zhì)體或細(xì)胞核進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。

二、操作流程

圖1  ATAC-seq試劑盒原理

ATAC-seq技術(shù)是通過(guò)轉(zhuǎn)座酶識(shí)別開(kāi)放染色質(zhì)，轉(zhuǎn)座時(shí)將轉(zhuǎn)座子兩端的接頭序列Adapter 1和Adapter 2插入靶DNA的兩端，形成一端帶有Adapter 1，一端帶有Adapter 2的DNA，之后利用DNA聚合酶將轉(zhuǎn)座形成的切口補(bǔ)齊。這種產(chǎn)物經(jīng)N5 (N5XX)和N7 (N7XX)引物擴(kuò)增，產(chǎn)物經(jīng)純化和分選后即為可測(cè)序文庫(kù)。對(duì)文庫(kù)進(jìn)行測(cè)序后的數(shù)據(jù)分析即可得到開(kāi)放染色質(zhì)區(qū)域的全基因組圖譜。

3.7 文庫(kù)質(zhì)量控制

通常情況下，對(duì)構(gòu)建好的文庫(kù)進(jìn)行濃度和長(zhǎng)度分布檢測(cè)，具體請(qǐng)參見(jiàn)注意事項(xiàng)，主要包括：

a. 濃度檢測(cè)：用Qubit對(duì)文庫(kù)的濃度進(jìn)行檢測(cè)。

b. 質(zhì)量檢測(cè)：用Qsep或者安捷倫2100檢測(cè)文庫(kù)片段分布。

圖2 ATAC文庫(kù)Agilent 2100檢測(cè)結(jié)果

轉(zhuǎn)座酶切割核小體時(shí)，ATAC文庫(kù)需要有明顯的核小體模型分布，ATAC文庫(kù)第一個(gè)文庫(kù)分布在170-200bp左右，為核小體Free模型；后面出現(xiàn)的第二個(gè)峰為一個(gè)核小體模型，可能會(huì)出現(xiàn)兩個(gè)核小體模型。如果酶量相對(duì)細(xì)胞過(guò)量，則文庫(kù)可能只有核小體Free模型，即只有一個(gè)主峰。